En la escarpada costa de un antiguo Japón de fantasía, un chico llamado Kubo vive en lo alto de un gran acantilado que da al mar. Kubo, un pequeño niño travieso y desaliñado, tan inteligente como bondadoso, sobrevive asombrando a los habitantes de un pequeño pueblo de pescadores, contándoles cuentos maravillosos con su don para realizar figuras de origami. Entre los pescadores a los que entusiasma están Hosato, Hashi y Kameyo. De noche, Kubo se ocupa de su madre, que cada vez está más débil y entra en extraños trances según aparece y desaparece la luna.

Su tranquila existencia se desmorona cuando Kubo llama accidentalmente a un espíritu de su pasado que regresa de los cielos decidido a llevar a cabo una venganza milenaria. Kubo no tiene más remedio que huir y unirse a la sensata Mona y al quijotesco insecto samurái Escarabajo para resolver el misterio que rodea a su deshonrado padre, el más grande de todos los samuráis que jamás existió. Kubo deberá encontrar los tan deseados objetos que le dejó su padre, la Coraza Impenetrable, la Espada Irrompible y el Yelmo Invulnerable, para sobrevivir.

Con la ayuda de sus nuevos amigos y de su querido shamisen, un instrumento musical mágico, Kubo realizará un épico viaje a través de las terribles ventiscas de las Tierras Lejanas, del subacuático Jardín de Ojos y del peligrosísimo Bosque de Bambú. Descubrirá nuevos poderes mágicos con cada reto al que se enfrente y luchará contra dioses y monstruos, como el vengativo rey Luna y las malévolas Hermanas Gemelas, para descubrir el secreto de su herencia, reunirse con su familia y cumplir el heroico destino que le está reservado.