Deep vive en un palacio en el fondo del mar, protegido por el Kraken, su abuelo, después de que los humanos hayan dejado morir el planeta. Su abuelo no le permite salir por miedo a que se resfríe, pero a él le encanta salir a explorar el mas allá  con sus amigos: Evo, un valiente pez linterna, y la pequeña Alice.

En una de sus salidas, provocan una explosión que deja encerrados a todos. Los tres se pondrán en camino  en busca de Natham, una ballena azul, el único capaz de liberarlos. En su viaje, conocerán a la cantante que vive en el Titanic, un tren hundido en el fondo del mar, y a Maura, una medusa que les acompañará en su aventura.

Cuando encuentran a Nathan, descubren que es prisionero del General Darcy, de Luigi y del profesor Ralph .